みなさんご存知のとおり、平安京以来の首都で「京のみやこ」とよばれてきました。 京も都も「みやこ」という意味があります。 それらの単語をつなげて地名になったという説が有力です。
ちなみに、「みやこ」とは天子の所在地を意味する普通名詞なのだそうです。